Universitas Islam Negeri (UIN) Malang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Presiden No. 50 tanggal 21 Juni 2004. Bermula dari gagasan para tokoh Jawa Timur untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi Islam di bawah Departemen Agama, dibentuklah Panitia Pendirian IAIN Cabang Surabaya melalui Surat Keputusan Menteri Agama No. 17 Tahun 1961 yang bertugas untuk mendirikan Fakultas Syariah yang berkedudukan di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah yang berkedudukan di Malang. Keduanya merupakan fakultas cabang IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dan diresmikan secara bersamaan oleh Menteri Agama pada 28 Oktober 1961. Pada 1 Oktober 1964 didirikan juga Fakultas Ushuluddin yang berkedudukan di Kediri melalui Surat Keputusan Menteri Agama No. 66/1964.
Dalam perkembangannya, ketiga fakultas cabang tersebut digabung dan secara struktural berada di bawah naungan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. 20 tahun 1965. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah Malang merupakan fakultas cabang IAIN Sunan Ampel. Melalui Keputusan Presiden No. 11 Tahun 1997, pada pertengahan 1997 Fakultas Tarbiyah Malang IAIN Sunan Ampel beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang bersamaan dengan perubahan status kelembagaan semua fakultas cabang di lingkungan IAIN se-Indonesia yang berjumlah 33 buah. Dengan demikian, sejak saat itu pula STAIN Malang merupakan lembaga pendidikan tinggi Islam otonom yang lepas dari IAIN Sunan Ampel.
Di dalam rencana strategis pengembangannya sebagaimana tertuang dalam Rencana Strategis Pengembangan STAIN Malang Sepuluh Tahun ke Depan (1998/1999-2008/2009), pada paruh kedua waktu periode pengembangannya STAIN Malang mencanangkan mengubah status kelembagaannya menjadi universitas. Melalui upaya yang sungguh-sungguh dan bertanggungjawab usulan menjadi universitas disetujui Presiden melalui Surat Keputusan Presiden RI No. 50, tanggal 21 Juni 2004 dan diresmikan oleh Menko Kesra ad Interim Prof. H.A. Malik Fadjar, M.Sc bersama Menteri Agama Prof. Dr. H. Said Agil Husin Munawwar, M.A. atas nama Presiden pada 8 Oktober 2004 dengan nama Universitas Islam Negeri (UIN) Malang dengan tugas utamanya adalah menyelenggarakan program pendidikan tinggi bidang ilmu agama Islam dan bidang ilmu umum. Dengan demikian, 21 Juni 2004 merupakan hari jadi Universitas ini.
Sempat bernama Universitas Islam Indonesia-Sudan (UIIS) sebagai implementasi kerjasama antara pemerintah Indonesia dan Sudan dan diresmikan oleh Wakil Presiden RI H. Hamzah Haz pada 21 Juli 2002 yang juga dihadiri oleh Wakil Presiden Republik Sudan serta para pejabat tinggi pemerintah Sudan, secara spesifik akademik, Universitas ini mengembangkan ilmu pengetahuan tidak saja bersumber dari metode-metode ilmiah melalui penalaran logis seperti observasi dan eksperimentasi, tetapi juga bersumber dari al-Qur’an dan Hadits yang selanjutnya disebut paradigma integrasi. Oleh karena itu, posisi al-Qur’an, Hadits menjadi sangat sentral dalam kerangka integrasi keilmuan tersebut.
Secara kelembagaan, sampai saat ini Universitas ini memiliki 6 (enam) fakultas dan Program Pascasarjana, yaitu: (1) Fakultas Tarbiyah, Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI), Jurusan Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS), dan Jurusan Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), (2) Fakultas Syariah, Jurusan Al-Ahwal al-Syakhshiyah, dan Hukum Bisnis Syariah (3) Fakultas Humaniora dan Budaya, Jurusan Bahasa dan Sastra Arab, Jurusan Bahasa dan Sastra Inggris, dan Jurusan Pendidikan Bahasa Arab (4) Fakultas Ekonomi, Jurusan Manajemen, (5) Fakultas Psikologi, dan (6) Fakultas Sains dan Teknologi, Jurusan Matematika, Biologi, Fisika, Kimia, Teknik Informatika, dan Teknik Arsitektur, dan Program Pascasarjana mengembangkan 4 (empat) program studi magister, yaitu: (1) Program Magister Manajemen Pendidikan Islam, (2) Program Magister Pendidikan Bahasa Arab, (3) Program Magister Studi Ilmu Agama Islam, dan (4) Program Magister Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI). Sedangkan untuk program doktor, Program Pascasarjana mengembangkan 2 (dua) program yaitu (1) Program Doktor Manajemen Pendidikan Islam dan (2) Program Doktor Pendidikan Bahasa Arab.
Ciri khusus lain Universitas ini sebagai implikasi dari model pengembangan keilmuannya adalah keharusan seluruh bagi anggota sivitas akademika menguasai bahasa Arab dan bahasa Inggris. Melalui bahasa Arab, diharapkan mereka mampu melakukan kajian Islam melalui sumber aslinya yaitu al-Qur’an dan Hadis dan melalui bahasa Inggris mereka diharapkan mampu mengkaji ilmu-ilmu umum dan modern, selain sebagai piranti komunikasi global. Karena itu pula, Universitas ini disebut bilingual university. Untuk mencapai maksud tersebut, dikembangkan ma’had atau pesantren kampus di mana seluruh mahasiswa tahun pertama harus tinggal di ma’had. Karena itu, pendidikan di Universitas ini merupakan sintesis antara tradisi universitas dan ma’had atau pesantren.
Melalui model pendidikan semacam itu, diharapkan akan lahir lulusan yang berpredikat ulama yang intelek profesional dan atau intelek profesional yang ulama. Ciri utama sosok lulusan demikian adalah tidak saja menguasai disiplin ilmu masing-masing sesuai pilihannya, tetapi juga menguasai al-Qur’an dan Hadis sebagai sumber utama ajaran Islam.
Terletak di Jalan Gajayana 50, Dinoyo Malang dengan lahan seluas 14 hektar, Universitas ini memordernisasi diri secara fisik sejak September 2005 dengan membangun gedung rektorat, fakultas, kantor administrasi, perkuliahan, perpustakaan, laboratorium, kemahasiswaan, pelatihan, olah raga, bussiness center, poliklinik dan tentu masjid dan ma’had yang sudah lebih dulu ada, dengan pendanaan dari Islamic Development Bank (IDB) melalui Surat Persetujuan IDB No. 41/IND/1287 tanggal 17 Agustus 2004.
Dengan performansi fisik yang megah dan modern dan tekad, semangat serta komitmen yang kuat dari seluruh anggota sivitas akademika seraya memohon ridha dan petunjuk Allah swt, Universitas ini bercita-cita menjadi center of excellence dan center of Islamic civilization sekaligus mengimplementasikan ajaran Islam sebagai rahmat bagi semesta alam (al Islam rahmat li al-alamin).